Entre sus funciones específicas estarán: coordinar la logística y participación de todos los jefes de los Programas Nacionales de Sida y representantes de las Redes en las reuniones del GCTH, monitorear y hacer seguimiento de las decisiones tomadas en las sesiones de trabajo, coordinar- conjuntamente con la Secretaría Técnica- la búsqueda de financiamiento para el funcionamiento y cumplimiento de los objetivos del GCTH, entre otras labores.

La Secretaría Administrativa actuará de acuerdo a las disposiciones de la Asamblea (que reúne a todos los miembros del GCTH), y de la Secretaría Técnica, que es la instancia operativa, ocupada actualmente por Perú.