La estructura organizacional del GCTH cuenta con las siguientes instancias:

Asamblea General:
Es la instancia superior en la toma de decisiones. Está compuesta por los programas nacionales del GCTH y los representantes de las nueve redes comunitarias de América Latina y el Caribe.

Durante las reuniones pueden participar como observadores representantes de organismos y agencias internacionales de cooperación; así como otros invitados que los miembros de la Asamblea consideren pertinentes.

La Asamblea General se reúne ordinariamente una vez al año. Entre sus funciones principales figuran: establecer las políticas y directrices de actuación, aprobar el Plan Anual de Trabajo, evaluar la admisión de nuevos miembros y gestionar los documentos oficiales.

Secretaría Técnica:
Es la instancia operativa encargada de coordinar las acciones del GCTH, articular los esfuerzos de los diferentes miembros, apoyar y coordinar la organización bienal del Foro Latinoamericano y del Caribe en VIH/SIDA e ITS, fomentar la elaboración e implementación de proyectos, programas, estudios, investigaciones y diagnósticos, publicar boletines informativos sobre el trabajo del GCTH, monitorear y evaluar la ejecución de proyectos y actividades previstos en el Plan Anual de Trabajo, representar al GCTH en los foros, reuniones y otros eventos internacionales.

La Secretaría Técnica es elegida durante la Asamblea General por consenso de los participantes por el periodo de un año, con derecho a renovación por un año adicional.

Secretaría Administrativa:
Está subordinada a la Secretaría Técnica. Tiene como finalidad contribuir a mejorar la comunicación y el fortalecimiento administrativo y contable del GCTH.

Entre sus funciones principales figuran: llevar el registro de las actas de las reuniones, monitorear y realizar el informe financiero periódicamente, administrar los fondos presupuestales para el funcionamiento y objetivos del GCTH, asistir a la organización de los Foros, apoyar la gestión de la Secretaría Técnica y elaborar la Memoria Institucional.

Coordinadores subregionales:
El GCTH cuenta con cuatro coordinadores subregionales o puntos focales: América Andina, Mercosur, América Central/ México y Caribe.

Sus principales funciones son: articular la implementación del Plan Anual de Trabajo del GCTH en el ámbito subregional, articular los esfuerzos de los miembros de la subregión apuntando al cumplimiento de los objetivos y estableciendo canales de comunicación, servir de nexo entre la Secretaría Técnica y los países miembros, participar en los eventos y otras actividades en representación del GCTH, articular y coordinar las acciones en la respectiva subregión.